针灸学院源于1958年福建中医学院成立时的针灸教研组。1988年1月，经福建省编制委员会批准成立骨伤针灸系，1989年独立设置针灸推拿系。2010年5月针灸推拿系更名为针灸学院。
1982年开办针灸学专业本科，学制五年。学院现有针灸推拿学、针灸推拿学(中医美容特色选修模块)专业，拥有博士和硕士学位授权点，目前在校本科生及国内外研究生1200余人。
学院师资力量雄厚，专业教师中博士化率达59.4%，拥有博、硕士生导师75人(含临床导师)。针灸推拿学专业为国家级特色专业、国家级一流本科专业建设点、福建省第一批一流本科专业，针灸学科、推拿学科为国家中医药管理局重点学科，获批福建省A类高峰学科——中医学(针灸推拿学方向)。2022年及2023年，专业在艾瑞深校友会网中国大学针灸推拿学专业排名均居全国第6 (五星级)。
《经络腧穴学》为国家教育部双语示范课程、国家级课程思政示范项目，《经络一点通》为国家级精品课程，《针灸学》《刺法灸法学》为省级精品课程，《小儿推拿学》《脉行人生——经络文化之传承与研发》为省级精品资源共享课(创新创业教育与专业教育融合类)，《经络养生与文化》为省级高校精品在线开放课程(已上线国家精品课程在线学习平台)，《经络腧穴学》《针灸学》《小儿推拿学》为省级线下一流本科课程，《小儿推拿学》《经络养生与文化》《经络与女性健康》《耳穴疗法》为省级线上一流课程，《经络养生与文化》为省级线上线下混合式一流课程，《火针治疗危险三角区痤疮虚拟仿真实训教学》为省级虚拟仿真实验教学一流课程。针推技能实践教学中心为省级实验教学示范中心建设单位，《针灸学》为省级教学团队、省级专业综合改革试点。
学院60多年的发展和成效，凝结了老一辈专家学者及全院教职员工的心血。在学校党委领导下，学院将继续秉持以提高人才培养质量为核心，以改革创新为动力，以强化师资队伍建设为保障，大力加强内涵建设，努力实现教学、科研、医疗等方面的跨越式发展。
